1 ноября 1996 года является датой создания ФГБУ "АМП Азовского моря" (ранее – ГУ «Морская администрация порта Таганрог»). В этом году учреждению исполняется 25 лет.
Начав в 1996 году осуществление своей деятельности в морском порту Таганрог, под руководством Росморречфлота учреждение расширило границы зоны своей ответственности, создав и обеспечив деятельность своих филиалов в российских морских портах Азовского моря: Азов (с 16.12.2009), Ростов-на-Дону (с 16.12.2009), Темрюк (с 18.11.2014), Кавказ (с 18.11.2014) и Ейск (с 23.12.2015).
Состоящий из высококвалифицированных специалистов трудовой коллектив ФГБУ "АМП Азовского моря", качественно выполняя возложенные обязанности, регулярно повышая свой профессиональный уровень, активно участвуя в жизнедеятельности морского транспортного сообщества, вносит свой достойный вклад в развитие морского транспорта. По результатам достигнутых успехов, ФГБУ «АМП Азовского моря» дважды (по итогам 2016 и 2017 годов) признано Росморречфлотом победителем отраслевого конкурса «Лидер отрасли» в номинации «Лучшая Администрация морских портов» и награждена вымпелами «Лидер отрасли». Также, в 2018 году Правительством Ростовской области учреждению было присвоено звание «Лучший социально ориентированный работодатель Ростовской области». По результатам работы за 2019 год в рамках отраслевого конкурса «Лидер отрасли» в номинации «Лучшая Администрация морских портов» ФГБУ «АМП Азовского моря» отмечено Дипломом.
Пройдя этапы формирования коллектива, организации и совершенствования работы, определения приоритетных задач и механизмов их реализации,учреждение в настоящее время в полном объеме и на должном уровне качества выполняет функции по обеспечению безопасности мореплавания в установленной зоне ответственности.